从冲水原理来看
虹吸：管颈细长，冲水时水面放到很高，秽物随着水往下走。水封高，不回易反答味。
直冲：管路简单、路径短、管颈粗，利用水的重力加速度可轻松把秽物冲洗干净，不易造成堵塞，但易产生异味。
从冲污能力来看
直冲式的马桶水力集中，冲水的时间短，冲污效率比较高，比较容易冲下较大的污物。在冲刷过程中也不容易造成堵塞。
虹吸式的马桶比较容易冲洗掉附着在马桶表面的污物，冲污效果比较彻底。
从防臭效果来看
直冲式的马桶由于存水面比较小，马桶表面容易出现结垢现象，防臭效果也不好，特别是没有带水封的卫生间，防臭作用更是不可以忽视
虹吸式的马桶自带水封，存水比较高，防臭效果优于直冲式的马桶。